জাতীয় বিশ্ববিদ্যালয়ের ক্রাশ প্রোগ্রাম নিয়ে প্রচুর সমালোচনা আছে। সেশনজট কমাতে গিয়ে শিক্ষার মানের সাথে মারাত্মক আপস করা হয়েছে। দ্বৈত পরীক্ষণ পদ্ধতি বাতিল করা এবং সিলেবাস শেষ না করে পরীক্ষা নেওয়াটা সবচেয়ে বড় ক্ষতি করেছে। আর এখন অফিশিয়ালি ঘোষণা দেওয়া হচ্ছে, বাড়িতে বসে পড়াশুনা করার জন্য। বিষয়টি সত্যি উদ্বেগের।
মাঠ পর্যায়ে চিকিৎসগণ প্রতিনিয়ত শারীরিকভাবে নাজেহাল হচ্ছেন। কোনো একটি ঘটনার সুরাহা হচ্ছে না। নবীন চিকিৎসগণ ধৈর্য হারাচ্ছেন। ফলস্বরূপ তাদের অনেকেই বিভাগীয় প্রক্রিয়ায় শাস্তি লাভ করেছেন। স্বাস্থ্য ক্যাডারের সহকর্মীরা ক্ষুব্ধ চিকিৎসকদের সমস্যাগুলি কর্তৃপক্ষের কাছে পৌঁছাতে পারছেন না। যৌক্তিক সমস্যাগুলি যদি কর্তৃপক্ষের কাছে পৌঁছানো যেত তাহলে শৃঙ্খলাভঙ্গের ঘটনা দেখতে হত না।
বাংলাদেশের বিশ্ববিদ্যালয়গুলির অর্থায়ন হয়ে থাকে মঞ্জুরি কমিশনের মাধ্যমে। জাতীয় বিশ্ববিদ্যালয় এ ক্ষেত্রে একটি ব্যতিক্রম। এই প্রতিষ্ঠানটিকে অর্থ উত্তোলন ও ব্যয়ের ক্ষমতা দিয়ে আইন করা হয়েছে। স্বাধীনভাবে অর্থ উত্তোলনের ক্ষমতাপ্রাপ্ত হয়ে বিশ্ববিদ্যালয়টির মধ্যে অতিরিক্ত আয়ের প্রবণতা সৃষ্টি হয়েছে।
এস ইউ খান বাবরি মসজিদ নিয়ে বিতর্কিত এলাকাটি (কেন্দ্রিয় মিনারের নিচের ভূমি) নিয়ে তার রায়ে ডিক্রি সংক্রান্ত আলোচনার বাইরে বহু ইতিহাস ও ঘটনা পরম্পরার উদ্ধৃতি দেন। তিনি ইসলামের ইতিহাসের ঐতিহাসিক হুদায়বিয়ার সন্ধির উদাহরণ টানেন।তিনি এই রায়টিকে ভবিষ্যত ভারতের শান্তির জন্য ক্রয় করা এক দলিল হিসেবে দেখতে অনুরোধ করেন।