বাংলাদেশ-ভারত সুসম্পর্কের সবথেকে বড় অমিল দেখা যায় সীমান্তে। ইচ্ছা বা অনিচ্ছাকৃত বেসামরিক কেউ ভারতের সীমানায় ঢুকে গেলে সাধারণ জিজ্ঞাসাবাদ করে ফিরিয়ে দেয়ার কথা থাকলেও গত দশ বছরে ভারতীয় সীমান্তরক্ষী বাহিনী 'বিএসএফ' প্রায় ৩৫০ জন বেসামরিক বাংলাদেশিকে হত্যা করেছে।